1933年春，中共陕甘边特委、陕甘边革命委员会、红军陕甘游击队总指挥部领导机关迁驻薛家寨。在5个天然岩洞内设立边区党政军机关、红军医院、被服厂、修械所、军需仓库等，创办红军随营学校，对干部进行军事知识和军事技能培训。在薛家寨下的亭子沟建起了农贸集市，实行保护政策，繁荣苏区经济。薛家寨成为陕甘边革命根据地的中心和红军、游击队的后方基地。
1933年6月17日，在照金北梁召开的党政军领导人联席会议（北梁会议）上，杜衡错误指示红二团南下渭华，导致红二团损失惨重，同时也使陕甘边革命根据地陷入危机。1933年7月21日，杨虎城部骑兵团团长王泰吉率骑兵团全体官兵1000多人在耀县宣布起义，成立西北民众抗日义勇军，同时，协助中共耀县县委成立了耀县临时革命委员会和耀县游击队。1933年夏，西北民众抗日义勇军、耀县游击队和改编为红四团的渭北游击队相继进入照金，扩大了照金的武装力量，稳定了苏区局势。
1933年8月14日，中共陕甘边特委在照金陈家坡召开了陕甘边党、政、军联席会议（陈家坡会议）。决定成立陕甘边区红军临时总指挥部，统一指挥照金苏区的三支武装，形成红军主力部队。制定了集中优势兵力，积小胜为大胜，集中主力深入陕甘边地区广泛开展游击战争的战略方针。
1933年10月初，国民党陕西当局4个正规团和6个县的民团6000余人，携带重型武器，向照金苏区发动了大规模“围剿”。由于陕甘边红军主力在外线作战，边区党政军领导率领留守的游击队员和红军后勤人员，依靠险要关隘，全力扼守。在敌众我寡、腹背受敌的危急关头，边区党政军领导人果断作出“保存实力，分路突围”的决定。10月19日清晨，因寡不敌众，薛家寨失守。照金苏区被敌占领后，陕甘边特委、陕甘边革命委员会、陕甘边游击队总指挥部和红军后方机关人员，分路突围北上寻找红军主力。11月3日，陕甘边红军临时总指挥部和中共陕甘边特委在甘肃省合水县包家寨召开会议，决定恢复红二十六军，开辟三路游击区，建立三路游击队，以南梁为中心扩大、发展陕甘边革命根据地。
1934年初，陕甘边区第三路游击队总指挥部在原照金几个游击队和平子游击队的基础上组建，在宜君县小石崖的高窑子（今属黄陵）成立了指挥部。9月，为加强对陕甘边第三路游击区的领导，全面恢复、发展和巩固照金苏区，中共陕甘边特委成立了中共陕甘边区南区委员会，同时还成立了陕甘边南区革命委员会。陕甘边区南区党政军组织的建立，标志着陕甘边革命根据地照金苏区的恢复，而且比1933年照金苏区的区域范围更大，横跨陕甘两省的边界地区，面积达7000余平方公里。