文昌阁
文昌阁坐北朝南，位于药王山南庵古建筑群的最南端。文昌阁修建于明代，重建于康熙五年，楼上塑的是“魁星点斗，独占鳌头”，楼下塑的是“百子菩萨”，因此同一座楼既能求取功名，又能求子，非常有趣。
文昌阁为方形重檐阁楼，分为下部台座和上层楼阁两部分。登上楼阁俯瞰，阁下有石阶，为唐太宗拜谒孙思邈为真人时的登山御道。
下部台座正中设拱洞、青石踏步，拾级而上可进入南庵院内。踏步通道中部有双扇平开木板门。板门上方有“静明宫”题刻，台座北侧东、西各有青石踏步，连接顶部楼阁。
阁楼面阔三间，进深三间，中部四根金柱围合一间近似方形，内有“送子观音”造像，上方悬空设有“魁星点斗”造像，故文昌阁也称“百子楼”“魁星楼”。
文昌阁四周围廊环绕，重檐歇山顶。顶饰青色小瓦，简瓦包沟，檐部施勾头滴水。屋脊正中有一铸铁造型，设计精巧，将“二龙戏珠”和“日月和辉”巧妙结合。
门、窗、柱、椽、室内梁架等表面有单色油饰，外部梁架、斗拱等构件表面有彩画。
最为有趣的是，楼阁一层檐西北翼角部位恰有一株古柏穿过，形成楼中有树，树在楼中的特殊景观，也生动体现了古人因地制宜，珍爱自然的道家哲学思想。
文昌，本为星名，也叫文曲星；魁星，本为古代天文学中的二十八星宿之一，据说，文昌、魁星为天上主管功名利禄、文章兴衰的神灵，有所谓“魁星点状元”之说。魁星楼的修建，意在盼望耀州文化昌盛，多出状元才子。登魁星楼远眺，耀州城尽收眼底。
南庵
南庵即升仙台，是孙思邈当年的隐栖之处。从唐代到宋、金、元至明代中叶，一直是纪念孙思邈活动的中心胜地，是关中著名的道教观院。其最南端是文昌阁（即魁星楼），雄峙南门，古朴典雅。
登临阁上，外见西南之平台为“晒药场”，阁下为唐太宗登山御道和御道牌坊、昭阳亭等。凭此可遥望嵯峨山，近视田园，俯瞰城廓。搭手远眺，漆沮合流，宝塔景致，绵延山川，尽收眼底。而其阁中有树，树在阁角，人们无不称奇！阁之眦北为孔子殿，其再北为“七间殿”（现为陈列《药用植物标本展》），其殿西为药王“手植柏”和碑廊，廊内按朝代的先后顺序陈列了北宋至民国30余通皆为此地原存藏的碑石，尤以北宋元丰四年《耀州华原县五台山孙真人祠记》碑、宋崇宁三年刻《感德军五台山静应庙额敕并加号妙应真人告祠》碑、宋徽宗宣和元年御书《题楮慧龙云章篆诗文》碑，元复刻《唐太宗赐真人颂》、《孙真人福寿论》碑及明代刻立《龟蛇》二字碑等最为著名。
明嘉靖年间大地震的幸存者——金、元大殿，殿檐宽阔，结构坚实，斗拱密集，浑厚古朴，工艺颇高，是药王山现存最早的建筑。金殿内陈列着一口隋唐时期出土的全青石镌刻雕凿的石棺和其他石刻文物。元殿内保存着《帝后朝元图》壁画，构图宏伟，题材丰富，体态感人，生动传神，不愧为古代壁画艺术的珍品。院内还建有药王大型石雕像和祭祀广场、隐居地、药王牡丹园等。
药王手植柏
古地有古木，在药王山景区南庵下院，有一株孙思邈手植柏树，虽历经千年风雨，仍然枝繁叶茂、生机盎然。药王手植柏立于药王山药用植物标本展厅前，枝条遒劲，疏密有致，疏影横斜，与古典建筑相互交织，相映成画。
药王山景区导游员魏方佳介绍说：“相传，药王手植柏是药王亲手栽下的一棵树，这棵树距今有一千四百多年的历史了，咱们看到的树干是圆形，纹理是扭转的，所以称之为转纹柏。这棵树高12.5米，腰围3.9米。”
靠近手植柏，仰头望去，一棵古朴雄壮的柏树赫然眼前，树干粗壮、苍劲挺拔。仔细看去，树干上好似天然雕有“佛门”二字。
仙山多奇事，这株药王手植柏还有一个神奇的故事，那就是一百多年前它曾经“显灵”过。
魏方佳说：“相传，当地有一位首富，特别钟爱他的姨太太，但她体弱多病，特别想要南庵的这棵柏树做一口棺材。首富同意后，命手下砍伐这棵柏树。当人们来到此地，突然间狂风骤雨，电闪雷鸣，这棵柏树似乎也扭动着身躯，人们放下工具，撒腿就跑，嘴里一直喊着，‘药王爷显灵了’。从此，药王山上的柏树无人敢动，也就留下了许多珍贵的柏树，面积达两千六百多亩，十万余株柏树，可以称得上渭北高原的一个奇观了。”
药王手植柏显灵的故事，或许太过神奇。但这棵柏树是留给后人珍贵的绿色文物，古树之美，留在了很多人的心里，平日里吸引众多游客前来驻足观赏。
魏方佳说：“这棵药王手植柏像是一位老者，见证了药王山的风风雨雨，是我们身边的珍贵资源。这棵柏树，历经沧桑，生机盎然，是前人留给后人的绿色文物，也是耀州区深厚历史文化的一部分，我们应该热爱、珍惜，更应敬畏和保护它。”
石大医
石头也能当医生吗？当然，在药王山景区西山脚下的岔口古道旁，立有一通高大的圆柱形八棱碑。碑上凿痕累累，字迹模糊，这便是人们所说的“石大医”。
据说，百岁药王孙思邈到此隐居，人们知道后蜂拥而来，请这位神医把脉开方。药王忙不过来，害怕耽误了患者的病情，所以他就想了一些办法，把自己从实践中得来的一些有效药方请匠人刻于一块八棱碑上，竖立在五台山下漆水河畔大路旁，让人们传抄治病。竖碑的地方名为岔口，是富平与耀州的交界处，也是南来北往的一条大路口。每天人来人往，络绎不绝。天长日久，传抄药方治好了不少人的病。因此，人们对这块药方碑十分爱护，视为珍宝。慢慢地，百姓们将这块石头称为“石大医”。
关于“石大医”民间还流传着一个故事，药王山景区讲解员王小静告诉记者：“据传，八棱碑立好后，有个不学无术的游医，听说岔口道立着一座药王整理刻成的药方碑，邪念顿生，白天来到岔口，将‘石大医’上的药方抄写在本子上。半夜三更，他带上凿子、斧头，将碑上的药方全部凿毁了。名传四方的‘石大医’一下成了块伤痕斑斑的废石。说来也巧，不久后，在一个雷雨交加的晚上，那个破坏‘石大医’的游医被雷击成了黑灰。如今，在耀州区西北四十里处还有一个名叫‘雷击’的村子，据说此村就是雷击那个游医的地方。”
北洞
北洞是明代中叶开始至今纪念孙思邈的中心场所，亦称太玄洞、药王洞或药王大殿。其亭台楼阁，宏丽古朴，雕梁画栋，殿宇群集。主要文物古迹有：一天门石台阶共141级，两边的明代石柱、石栏板，雕刻精美，寓意深刻。
“一天门”，以巨石卷洞，门额为明代礼部尚书王图题刻“灵佑门”三个大字。门下侧有明嘉靖时耀州知州江从春题刻“五台山”斗大字碑。石门前正中立“仁术仙踪”石牌坊，其侧矗立的一对“铁狮驮旗杆”重7500公斤，高10余米，杆上蟠龙飞舞，铁斗挂铃，风吹铃响，蔚为奇观，杆旁各蹲石虎一对。殿墙依崖，顶有“凌虚阁”，直插云霄，玲珑剔透，重楼浮悬，建造奇巧，亭顶八卦，巨兽雄狮，蹲卧上角，严肃庄重，增添威严。药王大殿一派古风雅韵，道骨仙风，玄妙飘逸，令人神往。药王塑像俨然正坐，温和端详，栩栩如生，令人肃然起敬。背后石洞，名曰“龙穿洞”，相传药王给龙王治病痊愈后，龙王为其钻成石洞。平时人们来这里瞻仰药王塑像，悼念祭祀，络绎不绝，焚香化裱，祈求健康。药王像前两侧站立尉迟敬德和龙王。
在大殿东侧的“医方碑亭”内护罩着六通碑石，其中《千金宝要》四通八面，《海上方》一通两面，《灵佑记》一通。“医济当时，方便万世”，正如碑亭石柱上刻的对联：“丹炉吐雾方技妙重千金，玄洞吞云神圣灵通万古。”此外还有《历代名医神碑》《孙真人三方碑》等各种碑石。在其左上为“药王父母殿”右下为“十大名医殿”，塑有雷公、岐伯、扁鹊、仓公、华佗、张仲景、王叔和、皇甫谧、葛洪、陶弘景等先师，令人遐想深思。
东角门外有古建山神庙，西玄门外有古建土地庙、火神庙、药王洗药池、财神庙。西道院内有吕祖庙道院，存有魏洪达石佛塔一座，明清精美石刻一组。还有药王医德碑廊、生平及传奇故事百图展、药王孙思邈养生文化等各种展览。
药王山洗药池
步入药王山北洞二天门，首先映入眼帘的是两处题刻。一是清代程康庄题书的“天下第一山”，说明药王山在医药养生、赐福安民方面居诸名山之冠。另一题刻是明代进士邑人左经题书的“石盆仙迹”。“石盆”也就是“洗药池”，相传为药王孙思邈所凿，上端有石龙头涌出山泉之水。
“洗药池”是药王洗药的地方，相传药王孙思邈把数百味中药放在池子里进行泡洗，水和石壁吸收了药材精华。当地老人说用这里的水煎药能药到病除，用这里的水洗浴能消灾祛病。每年“二月二”前后，草木萌，相传此时洗药池里的水更为灵验，所以前来祈水的人络绎不绝。拜药王，求健康，挂福袋，祈平安，每年前来祈水的人还会在六龙盆洗洗手，左转三圈，右转三圈，祈愿美意延年。
洗药池为双盆，直径两余米，水清碧绿，一个呈圆形，一个呈椭圆形。池上石崖缝中斜生一棵柏树，柏叶、柏籽常年落入池中。孙思邈认为，柏叶温而无毒，可祛湿痹，忍耐寒暑，食之止饥，轻身益气。柏籽甘味无毒，压惊安脏，止汗湿，益血气，服之令人润泽美色，耳目聪明，不饥不老，轻身延年。