与重理化实验的现代药理学不同，传统本草药理学发现中药药性的一个重要手段是采用“格物”的方法。所谓“格物”，也称为“格物穷理”“格物致知”，是指通过仔细观察自然界事物的现象，进而探究到事物内部本质规律的一种研究方法。“格”者，探究也；“物”者，事物也。
“格物论”的哲学内涵
“格物”一词最早出自儒家经典《礼记·大学》：“致知在格物。物格而后知至。”指出要达到“致知”的目的，首先要进行“格物”，也就是说“格物”是达到“致知”的途径。“格物”是中国古代儒家的一个重要哲学思想，早在汉代以前即已产生，唐代以前主要围绕人的主观道德修养展开，唐代之后逐渐转为认识客观事物的一个重要方法，尤其是两宋时期“程朱理学”着重发挥了“格物论”重理性的特征；明朝中后期至近代人们常将从西方传入的自然科学知识称为“格致学（格物学）”，进一步凸显了“格物”重实证、重客观的理性内涵。可以说，中国传统哲学“格物论”思想经历了一个从重人文主观到重理性客观的转变，期间“程朱理学”起到了关键性作用。
北宋大儒程颐阐释“格物”内涵曰：“格犹穷也，物犹理也，犹曰穷其理而已也。穷其理然后足以致之，不穷则不能致也。”程颐将“格物”解释为穷理，指出只有先格物穷理才能达到对事物的“致知”。南宋理学家朱熹继承了程颐的观点，并进一步发挥说：“所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而穷其理也。盖人心之灵莫不有知；而天下之物莫不有理。惟于理有未穷，故其知有不尽也。是以《大学》始教，必使学者即凡天下之物，莫不因其已知之理而益穷之，以求至乎其极。至于用力之久，而一旦豁然贯通焉，则众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用无不明矣。此谓物格，此谓知之至也。”朱熹也指出只有认真观察探究外物之理才能真正认识事物的本质，为此他还论述了“知”“行”的关系：“致知力行，论其先后，固然以致知为先；然论其轻重，则当以力行为重。”这就明确指出作为实践（“力行”）层面的“格物”行为比意识层面的“致知”更为重要。
“程朱理学”对“格物论”重客观、重实践的理性内涵的发挥，为宋代我国科学技术的发展作出了重要贡献。英国著名科学家李约瑟博士在其《中国科学技术史》一书中鲜明指出：“宋代理学本质上是科学性的，伴随而来的是纯粹科学和应用科学本身的各种活动的史无前例的繁盛。”李约瑟所言可谓精准。的确，包括本草药理学在内的我国宋代科技之所以领先世界，很大程度上就是得益于蕴含着理性客观等“科学因子”的“格物论”哲学思维的指导。
“格物论”哲学思维在本草药理学中的应用
我们知道，宋代以前的本草典籍对于中药药性的记载主要是性味、主治功效方面，记载比较简略，而宋代以来的本草书则不仅记载了中药的主治功效，而且还对中药为何具有此项功效——药性原理进行分析，形成了以“格物论”哲学为指导思想的本草药理学。
首先，从“格”药物不同部位推断药性来看。金元四大家之一李东垣曾指出：“大凡药根有上、中、下，人身半以上，天之阳也，用头；在中焦用身；在身半以下，地之阴也，用梢。述类象形者也。”这是通过“格”植物药材上中下三个部位的药性，推断出其可以对应治疗人体上中下不同部位的病症。同为金元四大家之一的朱丹溪则直接将其撰写的一本医书取名为《格致余论》。明代著名药学家李时珍也曾鲜明指出传统本草药理学依据的是儒家“格物学”：“虽曰医家药品，其考释性理，实吾儒格物之学。”（《本草纲目·凡例》）清代医家张志聪在《侣山堂类辩·药性形名论》提纲挈领地归纳了药物不同部位的主治功效：“皮以治皮，节以治骨，核以治丸（松节、杉节及草根之多坚节者，皆能治骨；荔核、橘核之类，治睾丸），子能明目，藤蔓者治筋脉，肉者补血肉，各从其类也。如水草、石草，其性主升；梢杪子实，其性主降。”就本草药而言，药用部位主要有根、茎、叶、花、果、子六大部位。其中根主要是向下生长以最大限度吸收地下营养然后升发而上以供全株之用。以葛根为例，清末医家唐容川采用“格物论”哲学思维分析葛根主治原理：“葛根，其根最深，吸引土中之水气以上达于藤蔓，故能升津液，又能升散太阳、阳明二经，取其升达藤蔓之义。葛根藤极长，而太阳之经脉亦极长，葛根引土下之水气以达藤蔓，太阳引膀胱水中之阳气以达经脉，其理相同，故葛根能治太阳之痉，助太阳经由膀胱水中而达其气于外也。”葛根系藤本类植物，根粗壮且长达数米，这样的“物象”类似人体的足太阳膀胱经，故可以治疗足太阳膀胱经经过的背部和颈椎的病症。
其次，从“格”药物不同外观（形状、颜色、质地）推断药性来看。“格”药物不同形状推断药性，如清代本草典籍《本草崇原》解释人参能够大补人体元气的原因：“人参，一名神草，一名地精……其年发深久者，根结成人形，头面四肢毕具，谓之孩儿参，故又有神草之名……凡属上品，俱系无毒。独人参禀天宿之光华，钟地土之广浓，久久而成人形，三才俱备，故主补人之五脏。”指出人参能够大补人体五脏乃是因为其外形长得像人。“格”药物不同颜色推断药性，清代医家汪昂分析说：“凡药青属木入肝、赤属火入心、黄属土入脾、白属金入肺、黑属水入肾，此五色之义也。”红色的朱砂入心有安神之功，白色的粳米入肺有润降之力，对此《本草纲目》引元代医家王好古言：“好古曰：《本草》言粳米益脾胃，而张仲景白虎汤用之入肺。以味甘为阳明之经，色白为西方之象，而气寒入手太阴也。”可见主要通过“格”物之五色（青、赤、黄、白、黑）对应人之五脏（肝、心、脾、肺、肾）的原理来考察本草的药性。“格”药物不同质地推断药性，主要是以观察药物的轻重、疏密、坚脆、枯润等物象作为依据来判断，如唐容川分析金石药物具有安神原理说：“动植之物，性皆不镇静也，惟金石性本镇静，故凡安魂魄、定精神、填塞镇降，又以金石为要。”
再次，从“格”药物不同生物习性推断药性来看。大凡生物都有自己的习性包括生长环境的特性、行为习惯的特性等，故可以据此推断药性。明末清初医学家卢之颐在其《本草乘雅半偈》解释泽兰的药性就是通过“格”其生长环境特性得来的：“泽兰生水中，乃水气所聚，澄洁水体，宣通水用者也。故主乳妇内衄（衂），大腹水肿四肢浮肿，骨节中水，及金疮痈肿疮脓，悉属体失澄洁，用失宣通，其辟不祥，与中风余疾，皆体用功力耳。”泽兰有去湿排脓的功效，是因为其长期生长于沼泽水湿之地，具有耐寒不怕水涝的特性使然。李时珍在论述白花蛇的药理时也是采用“格物论”的思维：“风善行数变，蛇亦善行数蜕，而花蛇又食石南，所以能透骨搜风，截惊定搐，为风痹惊搐、癞癣恶疮要药。取其内走脏腑，外彻皮肤，无处不到也。”这是通过“格”白花蛇多次蜕皮的行为习性来推断其能治疗“风痹惊搐”的药效。唐容川分析水蛭具有破血逐瘀的功效时说：“水蛭锐而善入，又能吮血，故主攻血积。”水蛭善于钻皮肉吸血，这是“格”其生物习性得到的“物象”，因此推断其能破血逐瘀，经临床验证后药效也是如此。
本草药理学“格物论”哲学思维的优缺点
通过“格”药物的不同部位、外观（形状、颜色、质地）、生物习性等来推断药性、阐释药理的“格物论”哲学是建构传统本草药理学的核心思维，具有生动、直观、形象、易于理解、便于操作等优点；但同时也存在一些缺点局限，如比较宏观模糊、不够精细等，但最大的局限是容易陷入机械对应导致药性判断不准的局面。在临床实践中我们常常发现，从一种药物的部位、外形、颜色等不同视角去“格物”探究药性有时会出现矛盾、不一致的现象，如苍耳子从部位上“格物”有种子降下之象，从形状上“格物”有毛刺之象，从质地上“格物”又呈轻扬之象，这样“格”出来的“物象”有多种，其药性该如何判断？而且每一种药物的某些“象”与另外一些“象”之间存在矛盾是很普遍的现象，这会导致我们推断药性存在困难。难怪反对传统本草药理学的人会质问说：黑煤炭与黑芝麻颜色相同，那煤炭岂不是跟芝麻一样也有补肾的功效？
其实，“格物论”所格药物之“物象”都是外部之“象”，而药物内部的“气”才是决定药性的主因。外部呈现之“象”多种多样，与内部之“气”一致的才是“主象”，与内部之“气”不一致的“象”是“次象”，因此格物之“主象”才是传统本草药理学采用“格物论”探究药性的主要目的。基于此等认识，黑煤炭与黑芝麻虽然颜色相同，但这只是外部多种“物象”中的一种“次象”，而且二者的质地、形状，尤其是内部之“气”都截然不同，因此黑煤炭没有黑芝麻那样的补肾功效也就不言自明了。当然，能否成功“格”到事物之“主象”是必须通过大量的仔细“格物”实践和临床应用的反复验证后才能实现的，二者缺一不可。因此，以“格物论”哲学思维建构起来的本草药理学，虽然不像现代药理学那样精细，但同样蕴含着丰富的“科学因子”，加上其直观、形象、易于理解、便于操作等突出优点，可以与现代药理学相互补充、相互印证，也应当在药理学中占有一席之地。
