9月6至10日，以市卫生局副局长郭慧宁为组长，抽调财务、监察、农卫、妇社等科室科长组成检查组，对各区县2007-2009年涉农卫生资金进行了专项检查。
这次检查是在各区县自查的基础上开展的，重点核查资金帐目和使用情况，项目资金自查整改情况。根据各区县项目数量，区县卫生局为必查单位，再抽查2-4个基层单位。重点检查了新型农村合作医疗补助资金、农村妇女“两癌”（宫颈癌、乳腺癌）检查、农村妇女补服叶酸、农村孕产妇免费住院分娩、农村基本公共卫生服务补助、村医公共卫生服务补助、村卫生室规范化建设、农村改水改厕、农村卫生人员培训等涉农资金的自查清查工作。
从检查情况看，各区县及相关部门对强农惠农资金清查工作高度重视，认真负责，取得了较好的效果。各项强农惠农专项资金都纳入了会计核算，基本实行了专帐专户管理，严格按照财务制度和财经纪律规定，管理使用强农惠农资金。但也存在一些不容忽视的问题，主要表现在：一是财务管理不够规范、会计核算资料不齐全；二是个别区县项目进展缓慢，资金拨付不及时；三是部分专项资金未实行专户管理、专账核算，与行政经费混淆；四是市县级配套资金没有全部到位。
针对检查发现存在的问题，检查组要求，一是加强财务人员培训，提高工作水平；二是对2009年重大公共卫生项目，主要是健康体检和健康建档工作，必需于8月完成，并将资金全部下拨；三是完善收入、支出和资金等管理制度和单位内部控制制度，建立强农惠农资金管理长效机制；四是各区县卫生局对存在的问题认真进行整改，限期将整改结果报市卫生局强农惠农资金专项清理和检查工作领导小组办公室，市卫生局对整改情况将进行抽查。
