一是责任制度。将基本农田保护工作纳入全市国民经济和社会发展计划，市政府与区县政府签订基本农田保护责任书，区县政府确保本行政区域内的耕地总量动态平衡和占补平衡。
二是保护区用途管制制度。任何单位和个人不得在基本农田保护区内进行非农建设和破坏基本农田的活动。禁止占用基本农田发展林果业、挖塘养鱼，建窑、建房、建坟、取土、堆放固体废弃物，禁止闲置、荒芜基本农田。
三是质量保护制度。提倡和鼓励对基本农田施用有机肥，合理施用化肥和农药。对基本农田质量状况定期检查，及时采取相应的地力保护措施，保证基本农田质量不降低。
四是审批和占补平衡制度。除国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实无法避开基本农田保护区的外，任何单位和个人不得占用基本农田。依法确需占用基本农田的，无论数量多少，都必须报经国务院批准。经依法批准占用基本农田的单位按照“占多少，垦多少”的原则，负责开垦与所占基本农田的数量与质量相当的耕地；没有条件开垦或开垦的耕地不符合要求的，应当按规定缴纳耕地开垦费。
五是环境保护制度。禁止在基本农田保护区内堆放固体废弃物，排放工业废水，控制工业废气污染。对破坏基本农田环境的行为，依法依规予以处罚，构成犯罪的依法追究刑事责任。
六是监督检查制度。相关部门每季度对基本农田保护情况进行检查，发现破坏基本农田的行为应及时制止，如造成破坏的，责令当事人纠正并进行跟踪监督。
七是听证和公告制度。国家、省重点建设项目占用基本农田，按照法定程序批准后，由区县政府予以公告，充分听取农村集体经济组织、农民和社会各界的意见，保障其陈述意见、质询和申辩的权利。
八是台帐和年终报告制度。基本农田保护区调整、使用和变化情况，由区县国土资源部门和乡镇人民政府（办事处）分别建立登记台帐。年终区县政府向市政府报告本区县基本农田保护情况。